Os pagamentos de diárias e passagens devem ser contabilizados de acordo com a natureza da despesa. Os tipos de viajantes possuem as naturezas de despesas correspondentes a cada um. Para uma mesma natureza de despesas pode ser emitido um ou mais empenhos. Se a escolha do controle do teto orçamentário recair sobre o tipo Natureza de Despesa, o SCDP faz o controle na própria Natureza de Despesa, sem detalhar o controle por empenho. Nesse caso, se houver mais de um empenho em determinada natureza de despesa, o SCDP não controla o gasto em cada um. Isso permite que uma PCDP retire o saldo do teto orçamentário de outro empenho sem informar de qual empenho foi deduzido. O controle do teto orçamentário por Empenho faz o detalhamento desse saldo, transferindo da natureza de despesa, para o empenho. Nesse caso, o limite do teto orçamentário é alocado a cada empenho. O SCDP faz o controle da tramitação da PCDP pelo teto do empenho estabelecido para a viagem, impedindo que o saldo de um empenho seja consumido pelo outro.